植物基因组(plantgenomes)微信公众号推文列表

植物基因组（plantgenomes）微信公众号：关注植物基因组和相关生物信息学工具研究进展。

植物基因组(plantgenomes)微信公众号推文列表

2021

  1. 分享一本Docker的入门书籍《Docker——从入门到实践》https://yeasy.gitbook.io/docker_practice/. 2021-08-29
  2. 人生苦短，不要浪费时间安装软件. 2021-08-28.
  3. 通过 singularity 运行 ltr_finder. 2021-08-19.
  4. 植物miRNA靶点互作数据库. 2021-04-02.
  5. 植物miRNA综合数据库. 2021-03-31.

2020

  1. 降香基因组. 2020-11-22.
  2. 美国紫珠基因组. 2020-11-21.
  3. 金银花基因组. 2020-11-18.
  4. 枳基因组. 2020-11-17.
  5. 无芒隐子草基因组. 2020-11-12.
  6. 番石榴基因组. 2020-11-10.
  7. 心翼酸模基因组. 2020-11-09.
  8. 芒基因组. 2020-11-06.
  9. 杜鹃花基因组. 2020-11-04.
  10. slurm/sbatch 避开某些节点或只用某些节点. 2020-09-29.
  11. Linux | 利用 source 命令修改环境变量 PATH. 2020-05-30.
  12. Nature Communications | 山椒鸡基因组. 2020-04-13.
  13. GigaScience | 枇杷基因组. 2020-04-11.
  14. R Markdown 格式转换为 Markdown 格式的方法. 2020-04-09.
  15. grabseqs: 简单便捷下载 SRA 数据. 2020-04-05.
  16. Food & Function | 巴西藜麦 BRS Piabiru 的营养价值、生化和生物活性特征. 2020-04-03.
  17. bioRxiv | 基于三代测序技术的高质量的玉米基因组组装. 2020-03-08.
  18. 鉴定环状 RNA 的工具. 2020-03-04.
  19. 环状 RNA 数据库. 2020-03-03.

2019

  1. 科研进展 | 基因组所阮珏团队开发大基因组混合组装新工具. 2019-12-12.
  2. Nature Methods | 阮珏/李恒合作开发更快更精准的第三代测序数据组装算法——wtdbg2. 2019-12-10.
  3. 收藏 | 34 款 Hi-C 软件工具列表. 2019-12-09.
  4. Differential splicing | 十种差异剪切分析软件的评估. 2019-12-08.
  5. SAMtools/BCFtools/HTSlib 发布新版本(v1.10)了. 2019-12-07.
  6. Fusion-Bloom: 从组装的转录组中检测融合基因. 2019-12-06.
  7. Sequenceserver: 自定义 BLAST 数据库的摩登图形用户界面. 2019-12-01.
  8. CDD/SPARCLE: 保守结构域数据库 2020. 2019-11-30.
  9. Cell Research | RNA Granule 数据库. 2019-11-29.
  10. CRISPRitz: CRISPR 基因组编辑脱靶鉴定软件. 2019-11-28.
  11. 收藏 | 生物代谢通路数据库列表. 2019-11-27.
  12. 收藏 | 蛋白质互作数据库列表. 2019-11-26.
  13. Linux tip | 利用 tail 命令等待某个进程结束. 2019-11-25.
  14. Genome Biology | 综述：鉴定结构变异的方法. 2019-11-24.
  15. RaGOO: 快速精确有参的 scaffolding 软件. 2019-11-23.
  16. OrthoFinder: 进化直系同源工具. 2019-11-22.
  17. KofamKOALA: 基于 HMM 的 KEGG 功能注释工具. 2019-11-21.
  18. Kalign 3: 大数据集的多序列比对软件. 2019-11-09.
  19. Perl 编程：判断两个 Intervals 是否重叠. 2019-08-08.
  20. 重要的不是谁获COPSS奖，而是它给我们的启发和思考. 2019-08-08.
  21. Nature Plants | 解决同源高倍体组装难题，福建农林大学公布ALLHiC算法. 2019-08-06.
  22. CHETAH: 单细胞 RNA 测序的一个选择性的、层级式的细胞类型鉴定方法. 2019-07-07.
  23. NAR | 鉴定调节DNA甲基化的基序. 2019-07-06.
  24. DeepSignal: 利用深度学习从 Nanopore 测序 reads 中检测 DNA 甲基化状态. 2019-07-03.
  25. PyPore: Nanopore 测序数据处理工具. 2019-06-30.
  26. Nanopype: 模块化、可伸缩的 Nanopore 数据处理 pipeline. 2019-06-19.
  27. CN-Learn: 从外显子测序中精确检测拷贝数变异的机器学习方法. 2019-06-13.
  28. CoCo: 考虑嵌套基因的 RNA-seq 定量软件. 2019-06-11.
  29. novoCaller: 利用贝斯网络方法从家系和群体测序数据中鉴定新发生的变异. 2019-06-07.
  30. netmap(): 利用离散图模型构建多倍体遗传连锁图谱. 2019-06-06
  31. Science | 休息也是一项艰苦的工作. 2019-05-26.
  32. 单词释义：strew, slouch, far cry, etc. 2019-05-26.
  33. Science | 揭开”隐性课程”. 2019-05-22.
  34. Science | 为科学歌唱. 2019-05-16.
  35. Plant Cell | 花分生组织中抑制 WUSCHEL 基因表达的分子机制. 2019-05-10.
  36. ASTRAL-MP：通过随机化和并行化将 ASTRAL 扩展到非常大的数据集. 2019-03-31.
  37. GenomeWarp: 不同 assembly 之间高效转换 gVCF 文件的坐标. 2019-03-28.
  38. FLAS: 快速、高通量的 PacBio long read 自校正算法. 2019-03-22.
  39. PopLDdecay: 基于 VCF 文件的快速、高效计算连锁不平衡的工具. 2019-03-19.
  40. 分享文章：浅析 Bash 中的 {花括号} | Linux 中国. 2019-03-18.
  41. 利用 Chrome 浏览器切割 PDF 文档. 2019-02-26.
  42. PBAP: 处理高密度遗传标记的家系数据的 pipeline. 2019-02-17.
  43. Nat Commun | 逆境中心破译糜子基因组. 2019-01-25.
  44. Crisflash: 基于VCF文件设计CRISPR guide RNA的软件. 2019-01-20.
  45. GTRD：基因转录调节数据库－2019年更新. 2019-01-04.
  46. STRING v11: 蛋白互作网络数据库. 2019-01-03.
  47. BioGRID 互作数据库：2019年更新. 2019-01-02.

2018

  1. KrakenUniq: 一个新的宏基因组学聚类软件. 2018-12-29.
  2. SAM/BAM/samtools 十岁了. 2018-12-25.
  3. 分享视频：CRISP基因编辑 & beyond. 2018-12-24.
  4. R 语言中处理TOML 数据的 packages 有哪些？. 2018-12-23.
  5. 分享图片. 2018-12-23.
  6. DNABarcodeCompatibility: 设计 DNA barcodes 的 R 包. 2018-12-22.
  7. 分享图片. 2018-12-20.
  8. gmRAD. 2018-12-19.
  9. PlantPAN3.0: 植物中利用 ChIP-seq 重建转录调节网络的资源. 2018-12-18.
  10. 【基因编辑】染色质可以抑制 Cas9 的脱靶效应. 2018-12-17.
  11. polymapR: 构建多倍体 F1 群体遗传图谱. 2018-12-16.
  12. 【基因编辑】PAVOOC: 利用三位蛋白结构和功能域注释设计人类基因组 CRISPR sgRNA. 2018-12-15.
  13. 【基因编辑】CRISPR-Local: 无参本地设计 sgRNA. 2018-12-14.
  14. SPRING: 一个新的 FASTQ 数据压缩工具. 2018-12-13.
  15. MapOptics: 一个轻量的、跨平台的光学图谱 alignment 数据可视化工具. 2018-12-12.
  16. 植物中 ABA 的功能. 2018-12-10.
  17. 植物激素有哪些种类. 2018-12-06.
  18. MacOS下利用Preview软件查看图片分辨率和DPI参数. 2018-12-01.
  19. Picard MarkDuplicates running slower with more CPUs. 2018-10-20.
  20. Overlapping variants called by GATK HaplotypeCaller. 2018-10-19.
  21. 十一个生物分类拉丁名的翻译. 2018-04-26.
  22. 安装 MareyMap 软件. 2018-04-15.
  23. 安装 Picard 软件. 2018-04-13.

2017

  1. F1000Research: 甘蔗品种 SP80-3280 的基因组序列. 2017-07-10.
  2. Plant Journal: 四川农大发表小麦 GWAS 论文. 2017-07-08.
  3. Plant Journal: 安徽农科院发表石榴基因组. 2017-07-07.
  4. 不要用“深度学习”，你的数据并没有那么“大”. 2017-06-13.
  5. Bioinformatics: Fuento: 一个命令行界面的功能富集分析软件. 2017-06-12.
  6. 密码子模型 Fequal, F1X4, F3X4 和 F61 是什么意思. 2017-06-11.
  7. PNAS: 两个野生烟草基因组论文. 2017-06-10.
  8. 两个 .gz 文件是否可以直接合并. 2017-06-09.
  9. Genome Biology: 逆境中心揭示染色质重塑因子PKL在RNA介导的DNA甲基化中的功能. 2017-06-08.
  10. Nature Communications: 杂草稻驯化历史论文. 2017-06-03.
  11. Genome Research: 亚洲野生水稻驯化历史论文. 2017-06-02.
  12. Bioinformatics: 遗传图谱比较的一个在线工具. 2017-06-01.
  13. Nature Genetics: 木薯单倍型图谱. 2017-05-31.
  14. Mol Biol Evol: 异源四倍体拟南芥瞬间获得自交亲和能力. 2017-05-30.
  15. J Exp Bot: 蚕豆基因组资源. 2017-05-29.
  16. DNA Research: 蔷薇科甜樱桃基因组论文. 2017-05-27.
  17. Plant Journal: 荠菜基因组论文. 2017-05-26.
  18. Nature Communications: 菠菜基因组论文. 2017-05-25.
  19. Nature Genetics: 292 个木豆种质的基因组重测序论文. 2017-05-24.
  20. Nature: 向日葵基因组论文. 2017-05-23.
  21. PNAS: 食肉植物丝叶狸藻基因组. 2017-05-22.
  22. Genome Research: 改良版的异源六倍体小麦基因组组装和注释. 2017-05-20.
  23. Nature Biotechnology: 利用TACCA技术从六倍体小麦中快速克隆基因. 2017-05-19.
  24. Nature Genetics: 银桦（silver birch）基因组论文. 2017-05-18.
  25. “天为什么是蓝色的”一百年|方励之. 2017-03-15.
  26. MobaXterm. 2017-02-21.

2016

  1. 物种树与基因树不一致：拟南芥属所有物种基因组重测序. 2016-07-20.
  2. 二代+三代测序获得N50为12.8 Mb的拟南芥Ler基因组组装. 2016-07-10.
  3. 南半球海草基因组论文发表于《Plant Physiology》. 2016-07-06.
  4. 荞麦基因组论文发表于 DNA Research. 2016-06-24.
  5. 高效统计分析中的十个简单规则. 2016-06-16.
  6. 2016影响因子之植物基因组相关期刊. 2016-06-15.
  7. 普通胡桃基因组论文发表于Plant Journal. 2016-06-14.
  8. Kallisto: 一个RNA-seq数据快速量化软件. 2016-06-13.
  9. 1135个拟南芥基因组测序的论文发表于Cell. 2016-06-12.
  10. 玛卡基因组论文发表于Molecular Plant. 2016-06-11.
  11. 利用词频确定英语用法. 2016-06-10.
  12. 谷歌学术的新功能：关键词推荐. 2016-06-09.
  13. 花生A基因组发表于PNAS. 2016-06-08.
  14. 胡萝卜基因组于发表于 Nature Genetics. 2016-06-07.
  15. 橡胶树基因组发表于 Nature Plants. 2016-06-06.
  16. 英语论文写作之拼写检查软件. 2016-06-05.
  17. 利用Quip软件压缩FASTQ/SAM/BAM文件. 2016-06-04.
  18. 矮牵牛基因组发表于《Nature Plants》. 2016-06-03.
  19. 黑树莓基因组论文发表于Plant Journal. 2016-06-02.